Entre los milagros más documentados destacan:
- Los mártires de Zaragoza en la persecución de Diocleciano.
- La resurrección de la reina Blanca de Navarra (casada con Sancho III de Castilla) al cabo de varias horas de su muerte, certificada por los médicos.
- La salvación de Fernando el Católico en Barcelona cuando un loco le asestó un mandoble que casi le cercenó la cabeza.
- La curación de Miguel Pellicer, el cojo de Calanda, es el milagro más famoso y documentado. Había perdido la pierna derecha. Después de dos años de rezar a la Virgen amaneció con la pierna entera en 1640. Miles de personas le conocían porque pedía limosna y untaba diariamente su muñón con el aceite de la lámpara de la capilla de la Virgen del Pilar. Seis días después del milagro el notario real redactó un acta con los testimonios de los testigos que le conocían desde antes del accidente y habían visto su pierna amputada. A instancias del Concejo municipal y de la Universidad se inició un proceso ante el Tribunal de justicia de Aragón. La sentencia probó que había sido un hecho sobrenatural.
La historicidad de Santiago en España está vinculada a la Virgen del Pilar. La semilla plantada en el año 40 por María antes de su Asunción al cielo (en carne mortal) ha fructificado: la mitad de los católicos actuales rezan en español y millones de peregrinos hacen el camino de Santiago en busca del perdón de sus pecados.
Antes de volver a Judea para ser mártir, Santiago construyó una capilla a Santa María del Pilar en Zaragoza, que es la primera del mundo dedicada a la Virgen.