El Gran Capitán fue un genio militar excepcionalmente dotado, que por primera vez manejó combinadamente la infantería, la caballería, y la artillería aprovechándose del apoyo naval. Supo mover hábilmente a sus tropas y llevar al enemigo al terreno que había elegido como más favorable. Revolucionó la técnica militar mediante la reorganización de la infantería en coronelías (embrión de los futuros tercios). Idolatrado por sus soldados y admirado por todos, tuvo en su popularidad su mayor enemigo.
La combinación de las operaciones de combate permitió a Gonzalo Fernández de Córdoba, en el transcurso de las guerras de Italia, introducir varias reformas sucesivas en el ejército español, que desembocaron en el Tercio. La primera reorganización fue en 1503. Gonzalo creó la división con dos coronelías de 6000 infantes cada una, 800 hombres de armas, 800 caballos ligeros y 22 cañones. El general tenía en sus manos todos los medios para llevar el combate hasta la decisión. Gonzalo de Córdoba dio el predominio a la infantería, que es capaz de maniobrar en toda clase de terrenos. Dobló la proporción de arcabuceros, uno por cada cinco infantes, y armó con espadas cortas y lanzas arrojadizas a dos infantes de cada cinco, encargados de deslizarse entre las largas picas de los batallones de esguízaros suizos y lansquenetes y herir al adversario en el vientre.
Dio a la caballería un papel más importante para enfrentarse a un enemigo «roto» (persecución u hostigamiento) que para «romperlo» quitándole el papel de reina de las batallas que había tenido hasta entonces. Sustituyó la guerra de choque medieval por la táctica de defensa-ataque dando preferencia a la infantería sobre todas las armas.
Puso en práctica, además, un escalonamiento en profundidad, en tres líneas sucesivas, para tener una reserva y una posibilidad suplementaria de maniobra. Gonzalo Fernández de Córdoba facilitó el paso de la columna de viaje al orden de combate fraccionando los batallones en compañías, cada una de las cuales se colocaba a la altura y a la derecha de la que le precedía, con lo que se lograba fácilmente la formación de combate. Adiestró a sus hombres mediante una disciplina rigurosa y formó su moral despertando en ellos el orgullo de cuerpo, la dignidad personal, el sentido del honor nacional y el interés religioso. Hizo de la infantería española aquel ejército formidable del que decían los franceses después de haber luchado contra él, que «no habían combatido con hombres sino con diablos»
.
